雖然由集裝箱改造的建筑較之傳統的建筑或者其他活動房有著諸多的優越性，并且是 一項節約能源、環保可持續的建筑方式。但是 由于其箱體本身的制約因素而具有其局限性，必須分析其建造和設計中可能遇到的各種問題，將集裝箱建筑進行細部改造和處理，依其獨特之處，揚長避短。比如金屬墻體的隔熱，冷橋熱橋、不同氣候條件下節能、使用年限、甚至是 城市管理、消防、產權問題。現有的法律法規都沒有考慮過這樣新型的建筑形式。
一、集裝箱箱體空間的限制
標準集裝箱的箱體尺寸是 一定的，作為建筑組件，其可使用的凈空間是 有限的，凈高不超過260cm，寬不超過2.4cm，一定程度上限制了使用功能的多樣化。若想獲得更大的單元空間，就需進行箱體擴展等大尺度的改造工作，成本也會變得昂貴。由于集裝箱建筑結構構造及其受力特點，不適合太大的開洞面積和跨度的調控，其堆積的高度也不宜過高；于是 就需要通過精細化的前期設計，合理安排內部空間的使用，以工廠預制的方式實行設備、裝修一體化建造，合理布置功能分區，使用可折疊、伸展的可靈活使用的家具設施，要在改造過程中充分挖掘集裝箱所有構件的潛力，擴大可使用空間。這在第二章節有較為詳細的空間策略。同時，要注意并承認的是 ，集裝箱并不是 適合于所有的建筑類型，因此在某些建筑項目中，集裝箱并不是 最好的選擇。
二、相關法律法規的缺乏，難以落戶
如今建筑法規里沒有 集裝箱房屋的合法規范出現，它們一直只以臨時性過度建筑的身份建造，“落戶”問題也沒有很好統一的解決政策。即使今后其結構和構造都達到了永久建筑的要求，沒有政策的保障，也會降低其使用范圍和普及率，這在一定程度上限制了集裝箱式建筑的發展。
(1)我國在這方面已經有了一定的工作和發展。例如：海寧市主要針對集裝箱超市在用地與政策上的合法性問題，召開各相關部門協調會。最終當地工商局協助擬定了《房屋權屬證明》文件，旨在確認集裝箱連鎖店可用于商業活動。
(2)國家應出臺一定的政策來規范集裝箱建筑的建造活動，同時鼓勵其向好的方向發展。相關監督機構可對集裝箱建筑的建造過程進行檢查，其中包括對采購項目的監督管理，對生產廠商的評估、審核及選定，設計審查，防臺風計算審核，對原材料和部件的檢查認證，生產進度及交貨期的控制以及交貨前檢查等。總之，集裝箱建筑的建造全過程應在第三方監控下進行，以使其質量得到保證。也可尋求特定區域，進行集中化建設，形成規模化優越性，降低成本。
(3)由中集集團組織及編制的國家《集裝箱模塊化組合房屋技術規程》，于2013年6月正式頒布并在全國范圍內出版發行。《規程》明確了各項技術參數，掃清了技術障礙，建立了國家標準。為集裝箱模塊化房屋成為合法建筑提供了保障，全面填補了國家在該領域的空白，對國家相關產業的發展具有非常重要的里程碑意義。
三、標準化與人性化的矛盾
利用集裝箱的標準化和模塊化，可尋求建造的速度和高效，但也限制了建筑師的奇特想法。設計中應考慮建筑的細節構造，有效保證其豐富性和人性化的發展，不至使其流入低俗。
四、人們的接受度
集裝箱作為建筑的角色己經很長時間，但是 在大家眼里，鐵皮的房屋丑陋、堆放在港口堆場、生銹、凹陷、沒有窗戶；活動集裝箱房的室內悶熱或寒冷、吵鬧、空間擁擠(盡管它并非完全這樣)，它只能是 呆板、價格低廉、“影響市容”的臨時性棚屋，對此種類型的建筑比較陌生，并不認可其在建筑靈與欲的價值。但是 事實是 ，這些更多的是 人的心理障礙， 集裝箱活動房屋改造裝修之后完全可以和傳統建筑一樣的品質優良，但是 要使人們接受集裝箱建筑及其概念，需要一定時間和努力，同時箱體也需要更大的改變。在Tempohousing公司這里，他們通過使用單獨的幕墻系統，給集裝箱容器加一個優雅的外墻，提供豐富的選擇，從傳統的材料到高端的裝飾，與平日見到的建筑別無兩樣，只是 將全球生產線中使用的容器發展成預制房屋。而它們在成本、效率、質量、可持續發展方面有著更多的競爭力。
五、集裝箱建筑物理性能
其保溫隔熱性能差，室內熱環境不穩定；防火性能不足，當達到600攝氏度的燃燒溫度時，鋼結構會融化；箱體擁有良好氣密性的同時，室內排水性能很差；鋼結構箱體易銹蝕，必須做好防銹措；完全封閉的空間，采光通風性能差。具體使用中，要滿足房屋使用的功能適應性，集裝箱本身是 達不到的，需要使用更多的方式進行合理的細部改造。在后面幾個章節中會提出以上問題的改進措施，為實現功能合理，空間靈活，造型多樣的集裝箱設計提供借鑒。
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